Федеральная таможенная служба является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим в соответствии с законодательством Российской Федерации функции по контролю и надзору в области таможенного дела, функции органа валютного контроля, функции по защите прав на объекты интеллектуальной собственности, функции по проведению транспортного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации, а также санитарно‑карантинного, карантинного фитосанитарного контроля и государственного ветеринарного надзора в части проведения проверки документов в специально оборудованных и предназначенных для этих целей пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации (специализированные пункты пропуска), функции по выявлению, предупреждению и пресечению преступлений и административных правонарушений, отнесенных к компетенции таможенных органов Российской Федерации, а также иных связанных с ними преступлений и правонарушений.

ФТС России находится в ведении Министерства финансов Российской Федерации.
ФТС России в своей деятельности руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, актами, составляющими право Евразийского экономического союза, нормативными правовыми актами Министерства финансов Российской Федерации, нормативными актами Центрального банка Российской Федерации.
ФТС России осуществляет свою деятельность непосредственно, через территориальные органы Службы и свои представительства (представителей) в иностранных государствах во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации и органами местного самоуправления, Центральным банком Российской Федерации, общественными объединениями и иными организациями.

Российская таможенная служба имеет многовековую историю, что вполне закономерно, поскольку основная функция таможни – защита экономических интересов государства. Еще в Киевской Руси взимались сборы за провоз товаров через внешние и внутренние заставы. Слово «таможня» происходит от тюркского слова «тамга» – пошлина. Вначале так называли место на рынке или ярмарке, где взыскивали пошлины – «тамжили» товар.
По мере становления и укрепления Российского государства развивалось и таможенное дело. С XIII века платежи взимались уже в зависимости не только от количества, но и ценности товаров. Начиная с XVII века государственный контроль сферы внешнеэкономических отношений усиливается: запрещаются к вывозу отдельные товары, ограничиваются привилегии иностранных купцов. Торговым уставом 1653 года была установлена единая рублевая пошлина, а первым таможенным тарифом России считается принятый в 1667 году Новоторговый устав, определивший виды и размеры таможенных сборов (при этом было завершено разграничение внешних и внутренних пошлин, а внешние пошлины разделены на ввозные и отпускные).

Таможенная политика в разные периоды российской истории балансировала между жестко-протекционистским курсом и мерами, способствующими либерализации внешней торговли. Наиболее эффективными, в том числе с точки зрения фискальных интересов государства, следует признать периоды действия таможенных тарифов, сочетавших принципы свободной торговли с умеренно-протекционистской направленностью (например, тариф 1868 года). Образцом государственного покровительства отечественному производству стал тариф 1891 года, в создании которого принимали участие крупные ученые, в том числе Д. И. Менделеев. Приоритетами таможенной политики были провозглашены преимущество промышленных интересов перед фискальными, равная поддержка всех нуждающихся в этом отраслей промышленности, а также поддержка российских товаропроизводителей на внутреннем рынке. В советский период таможенное дело практически не развивалось в связи с существовавшей государственной монополией на внешнюю торговлю. Новый этап в истории таможенной службы России начался в 90-х годах, когда был взят курс на либерализацию внешнеэкономической деятельности. 25 октября 1991 года был образован Государственный таможенный комитет РФ, а с 1995 года в соответствии с указом Президента РФ 25 октября отмечается День таможенника Российской Федерации. В 1993 году приняты Таможенный кодекс России и Закон РФ «О таможенном тарифе». Указом Президента РФ от 9 марта 2004 года №314 Государственный таможенный комитет Российской Федерации был преобразован в Федеральную тамож